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醫院和醫療機構排出的污水大多是來自醫院的診療室、化驗室、病房、洗衣房、X片照相室和手術室等排放出來的含有大量病菌、病毒、化學藥劑、放射性廢水、病原體和其它有毒有害物質，污水的來源非常復雜，按醫院性質可分為傳染病醫院廢水和綜合醫院廢水；按廢水成分可分為有放射性醫院廢水、廢棄藥物醫院廢水、含量金屬離子醫院廢水。所以，醫療廢水必須經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病醫院排出的污水，需經消毒后才能排放。
改變醫院廢水水質的過程，就是消滅廢水中的致病微生物，沒有集中式污水處理設備的醫院，對于有傳染性的糞便，必須進行處理做到無害化方可排放，為了提高消毒效果，在消毒前可對廢水進行預處理程序，包括一級處理和二級處理。常用的消毒劑有漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。廢水消毒處理方法包括氯化法、臭氧法、紫外線消毒法，對于含有放射性同位素的污水，應該按同位素處理要求處理，為了消滅廢水和污泥中的病原體和微生物進行的處理過程，可以分為廢水消毒和污泥消毒，醫院廢水在處理過程中，污泥中細菌、病毒、寄生蟲卵經熟石灰消毒和高溫堆肥后方可用作肥料。
醫院廢水的水質十分復雜，一般隨著用水量的增大，相應的污染物濃度越來越高，醫療廢水是廣大人民群眾重點關注的問題，醫療廢水的排放對水資源造成了巨大危害，已經成為危害人民群眾健康的源頭，廢水排放達標的醫院少之又少，當下，人民環保意識的淡薄和法律的不完善，造成了醫院廢水排放不達標的重要原因。因此國家各級環保部門應該高度重視，頒布醫療廢水處理新法規，徹底解決一直困擾人民群眾的醫院廢水排放問題。醫療廢水處理應該一直秉承全過程控制原則，減量化原則，就地處理原則，分類指導原則，達標與風險控制相結合原則，生態安全原則。
醫療廢水處理流程：預處理—一級處理—二級處理—深度處理—消毒—出水
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